Heu.
Le gestionnaire de fichiers de Windows, ne fait-il pas déjà ce que vous cherchez ?
Soit, organiser / répertorier les fichiers de manière à optimiser leur accès.
Après. Si vous cherchez à tout ré-organiser ?
Alors. Devriez d'abord chercher à lister les fichiers et leurs doublons, selon certains critères ; date modifiée, taille, MD5 ..
Pour ensuite remodeler l'organisation des répertoires pour mieux répondre à vos besoins.