En theorie, le boot loader sera toujours la, mais ne trouvera pas les fichiers de conf. Si par contre, c'est le boot loader de Vista, tu n'aura pas de probleme car la configuration se trouve sur la partition de Vista.
Sinon, avant d'installer Linux et de virer windows, tu fait un fdisk mbr sous Vista (ou un truc dans le genre). Je te preconise de faire ca, histoire d'etre sur