excusez moi de l'icoherence de mon expression..
le truc que je omprend pas c'est : est ce qu'on doit par exemple faire la séparation des couleurs et faire un document pour chaque couleur, par ex: j'ai conçu un flyer qui comporte  une image bichromique en vert qui couvre la moitier du flyer plus un logo du même vert que l'image plus un text en noir je veux que ca sortent en ton direct et pas en quadri , dans ce cas doit-je convertir l'image en niveau de gris ou c'est la flasheuse qui reconnaitera les couleur et fera le travail
excusez moi encors je souhaite que c'est clair cette fois.

Si tu as réglé ta bichromie dans Photoshop (Image > mode > bichromie) et enregistré  
ton image en photoshop eps, c'est ton flasheur qui s'en occupe.

sinon tu peux toujours faire un pdf en séparations de couleurs (les pantones seront automatiquement enregistrées dedans)

oui mais uniquement un PDF/X (donc Distiller 5 et plus) sinon la séparation couleur ne gère pas les Pantones

exact gauvain ! j'avais oublié de le préciser