Reprise du message précédent :
plus petit chez moi

J'ai réanimé ce topic qui était à l'abandon    
 
C'est toujours bien d'avoir des notions de bioinfo même si tu n'est pas bioinformatitien. On peut savoir lancer des programmes spécifiques sous unix sans savoir les coder. Ca aide déjà pas mal.

Si on sait programmer en python, on sait scripter et automatiser pas mal de chose.

c'est pas forcément spécifique au python cela dit
 
je connais des gens qui font tout en bash et avec des makefile
 
perso, j'utilise surtout Perl et bash (ne serait ce que pour tout ce qui est soumission de jobs aux clusters)
et pour tout ce qui est purement stat, j'utilise R, mais je sais que tout ou au moins une bonne partie de ce que je fais en R est probablement également faisable en python
 
je fais beaucoup de machine learning en R dans le cadre d'un projet, mais j'ai déjà pas mal zyeuté du coté de scikit-learn, excellente librairie python

Je suis partisan du duo Python/R.
 
R pour les stats et graphique.
 
Python, parce que c'est un language facile a apprendre, oriente objet (si on le souhaite) et de plus en plus populaire dans la communauté. J'ai des données hétérogènes que je serais incapable de traiter en bash. Et il y a des bibliothèques pour python, genre Biopython ou Numpy qui simplifient les choses.
 
Tu peux faire les memes choses avec Perl, sauf que c'etait tres utilise au debut de l'ere de la bioinfo, mais c'est en perte de vitesse par rapport a Python. Et c'est quand plus complexe a utiliser.
 
Il y a aussi Ruby dans le lot, mais je doute qu'il prenne son envol.
 
 
Pis évidement, on a toujours besoin de saupoudrer de Bash pour faire le liant.

Pour les graphs, je fais beaucoup en R, mais pour certains trucs, j'utilise toujours aussi gnuplot, qui permet de paramétrer énormément de choses.

T'as teste ggplot2 pour R? C'est assez puissant (peut-etre pas autant que gnuplot).

Oui oui, je l'utilise aussi, c'est vraiment très sympa.

 
j'utilise excel
 

que pensez vous de http://biorxiv.org/ ?
 
Utilisez vous ce service ? Quels sont les avantages et inconvénients d'envoyer son manuscrit sur un serveur de pre-print, en fait ? J'ai jamais vraiment compris le principe

1) T'as un DOI, donc les gens peuvent te citer.
2) C'est en open access, donc n'importe qui peut te lire.
3) Tu peux recevoir des commentaires, et donc le modifier avant de l'envoyer en peer-review.
4) C'est publié, donc il y a un preuve de la date, au cas ou quelqu'un te scooperait.
5) L'article permet d’être connu des mois avant qu'il sorte officiellement dans un journal peer-to-peer. Donc les gens auront lu et commenceront a citer ton article au moment ou il sort, et pas plusieurs mois apres.

Mais j'admets qu'il y a peu d'avantages. Je ne le fais pas pour ma part.

Clairement. Après pour le ngs en particulier,il faut surtout bien designer la manip en fonction de la question parce que quand tu te retrouves assis sur un tas de data tu as vite fait de partir dans des analyses qui s'écartent de la question de départ et d'oublier que le design de la manip ne permet pas forcément de bien répondre aux nouvelles questions. Il faut rester focusé.

J'ai fait smbe l'an dernier (un peu à la frontière), mon mec est bioinformaticien et je bosse avec de vrais bioinformaticiens pur sucre, et clairement les grosses différences aussi avec la paillasse (je viens de lévo-dévo) ce sont là façon de poser les questions, le niveau de hauteur de ces questions, la distance par rapport au fonctionnel. Et c'est dommage qu'il ne soit pas toujours facile de concilier les deux (dans la communauté évo-dévo de fait un peu plus vu que la discipline pioche à droite et à gauche) mais en évo pure un peu moins.

Chicago ?

 
Yep Tu y étais aussi ?  
 

Nope.

Society for Molecular Biology and Evolution, je ne connaissais pas. J'ai monté une plateforme de transcrpitomique, et souvent les gars viennent avec rien de clair dans la tête, dans le genre "on compare tout, et on verra bien ce qui ressort"    le pb, c'est que ça ne marche pas comme ça. Vu le coût des manips, ma politique, c'est "tu fais moins de points, mais plus de réplicats" mini n=5, pour être sûr de rester qqchose en stat.

Et comme on entend souvent : "c'est pas parce qu'un résultat est statistiquement significatif qu'il est biologiquement vrai "

C'est un peu les thèses dans mon labo pour pas mal: métabolomique, donc tu balances un max d'échantillons, tu prends tes 300-3000 variables, et tu tritures jusqu'à obtenir une corrélation aléatoire entre ta table d'intégration et tes traitements bios, ou autre chose qui doit corréler...  
Et dans notre partie, y'a pas grand monde pour démonter le bullshit pseudo-statisticien. Tant que ca donne un plot où tu as des groupes de données, ca suffit.

 
C'est le gros truc d'évo, un peut trop gros même comme congrès maintenant je trouve, plus de 1200 personnes (je vous raconte pas les posters).  
 
Pour ce que tu dis c'est EXACTEMENT ça, le "on verra bien ce qui ressort" ...   Après pour la France, sauf ERC, on touche là les limites de ce qu'on peut faire maintenant en big data. Comme tu dis, parfois on doit faire des choix, réduire les points pour des raisons de coût mais comment rester compétitifs quand on voit ce qui est demandé pour les gros papiers ? Quand on lit ce qui passe maintenant avec de la transcriptomique et qu'on calcule le coût de tout ça derrière...  
 
Après pour les stats, je dirai que ça dépend aussi vraiment de ce qu'on regarde. Pour des quantif de variation de taille d'organismes, de croissance cellulaire, de RNAseq, avoir un nombre d'échantillon respectable est très important. Pour ce qui est des patrons d'expression en in situ par exemple, lorsqu'on a un continuum de stades de développement, si on ne cherche pas à quantifier une zone d'expression précise, on s'en sort bien avec peu d'échantillons.

Ouh, je vais la ressortir celle-la
 
Ca changera de ce qui est devenu ma rengaine habituelle "on n'a pas assez d'échantillons pour ce genre de méthode"

fig1. Composé lambda qui inhibe de 5% la croissance cellulaire après 96h de culture. * : p<0.05

Y'avait moins de monde au Japon (juste apres Fukushima).

c'est tous les papiers d'épidémio, etc... c'est bullshit and co, comme le dernier sur expo aux particules ultrafines et autisme...
la plus belle corrélation que je connaisse, c'est "chocolat et prix nobel".  
http://www.lepoint.fr/insolite/plu [...] 892_48.php

Elle est tres bien cette corrélation. Et 100% scientifiquement juste.
 

Je l'aime bien aussi cette corrélation  

Ah, nous on avait la même sur la Jura avec la corrélation Nobels / café!

Question phyllosophique aux aimables participants :
 
que penser de CTVT du point de vue de la systématique ? Ce truc me laisse un peu rêveur sur les possibilités de classification... matériel génétique de clebs, transmission façon virus-clone-parasite, divergence/variabilité suffisamment limitée pour établir l'ascendance, exemple limite d'une "spéciation" (avec remaniements chromosomiques)...
 
Vous en feriez quoi, vous ? virus ? parasite protozoaire baveux ? nouvelle race de clebs qu'on n'a pas besoin de promener trois fois par jour ? (ok, c'est un peu tout pareil)
 
Ce cauchemar phylogénétique

Bordel ce truc.  

 
La biologie n'est pas la physique, à peu près toutes les "règles" qu'on établit pour mieux comprendre le vivant finissent par voler en éclat plus ou moins rapidement et c'est d'ailleurs assez logique. Briser les règles te permet de contrecarrer les défenses de tes proies et te met à l'abri de tes prédateurs à commencer par les plus impitoyables d'entre eux, les virus et bactéries. C'est pour ça qu'il n'y a pas de théoriciens en biologie, ils ont tous sombrés dans la dépression en comprenant que leur combat était vain.
 
La classification systématique c'est comme le reste, ça permet de classer la plupart des organismes mais tu tombes toujours sur des cas particuliers alakon entre l'endosymbiose, les transferts horizontaux, les rétrotransposons et donc ici les cancers transmissibles. D'ailleurs à ce propos les cellules HeLa sont dans une situation similaire, il ne manque plus grand chose pour qu'elles se débrouillent toutes seules et à ce moment il sera difficile de ne pas les considérer comme une espèce à part.

Oui mais une espèce de quoi ? (pour HeLa, n'est pas une réponse valable)
 
Selon le choix de caractères sur lesquels on base une classification, on en fera des sortes de protozoaires, ou des sortes de mammifères, ou alors on en fera un nouveau bidule (règne?) à part Du coup on peut y voir soit un exemple un peu taré de spéciation, soit carrément une cladogenèse (Dans les deux cas, c'est dtc v-x-v)
Pour sûr ça illustre l'habituel compromis de toute classification, mais concrètement faut bien à un moment se tirer les doigts du derrière pour statuer, même imparfaitement.

Une espèce de "pré-virus" ? Je lance ça comme ça mais si on lui laisse quelques MA son génome va se réduire et sans doute mener à un virus tel qu'on le connait ? Car là ça a l'air récent (6000ans).

 
Ca me semble peu probable, une simple réduction de la taille du génome ne suffira pas, il faut également acquérir des fonction à priori manquantes pour le moment (notamment, injecter son génome dans une cellule puis trouver un moyen d'en ressortir).

Effectivement j'avais négliger l'aspect transmission de matériel génétique. Finalement c'est limite du parasitage exocelluaire (besoin d'un hôte) et intracorporelle. Un "symbiote" ?

Tête du scienceux qu'a trouvé la "bête" :
 

Excellent !
Ça s'appelle une corrélation écologique.

Hello les bioleux,

Petit problème, pour aider une copine IRL qui a des soucis de paternalité.
Mes années de bio sont très loin derrière, donc si vous pouviez me donner votre avis :

Mère :  Phénotype A-
Père : Génotype AA ++, donc A+ phéno

Enfant Phéno : O-

==> Pour moi : Impossible sans même regarder ABO, car double allèle ++ chez le père, donc gosse forcément en rhésus +.
Vous confirmez ?
Merci.

Edit : d'après ce que j'ai lu, le rhésus est en fait plus complexe mais peut se simplifier par un dominant/récessif.

Comment tu connais le génotype du père ?

 
Si un des parents est AA, le gamin aurait forcément du A, donc...
 
Mutation de novo, ou alors le gamin a un bagage génétique Salope+Cocu  

 
C'est rare mais pas impossible même sans faire intervenir de mutation.