Reprise du message précédent :

ah quand même.

edit: ici on peut pas, faut 4 semaines administratives entre le depot de la these et la defense, supposé être pour que tout le commité lise la these mais surtout de la merde administrative

 
Il n´y a pas besoin de plus pour preparer la soutenance, d´autant plus qu´une bonne partie des figures sont deja pretes moyennant une legere mise en page.
 
Edit : comme si les examinateurs lisaient le manuscrit avant  

ça depend des endroits, ici j'ai 3 membres du comité pour l'examen (donc censé avoir lu la thèse), plus 4 lecteurs qui devront approuver le document lui-même pour l'aval final.

 
Je n´avais pas pris de lecteur, il n´y avait que quatre personnes dans mon jury. Et je ne regrette pas le choix, j´ai eu des questions bien plus interessantes et tout aussi nombreuses que beaucoup d´autres thesards avec des jurys a 34 personnes.

sûrement. mais on a pas le choix, c'est le systeme ici et tu discutes pas avec l'administration de l'université
et evidemment les lecteurs doivent être differents du comité, autant dire que personne lit les theses entierement, je me demande d'ailleurs qui lit les résumé en entiers des fois...

 
 
Chez moi c'était 6 semaines

Et sinon pour mes histoires de structure.
Vous n'auriez pas une autre piste que je puisse explorer ? Y'a un moyen de mesurer la distance entre mes deux fragments ? Ou même de la RMSD, mais juste entre ces deux ?

 
Exactement, mon talk est quasi pret, je me repose picolle pdt 2-3 jours puis je m'y remets    

 
La distance entre les deux fragments, ca n´a pas enormement d´interet. Ce qu´il faudrait surtout connaitre, c´est l´energie d´interaction entre eux. Pour les raisons expliquees dans les posts precedents, tu t´attends a une difference siginificative et c´est cette difference d´energie qui te permettra d´expliquer les effets de tes mutations.  Par contre, je ne connais pas d´outils adaptes pour ca meme si ca existe tres probablement quelque part sur le net  

Ok, c'est déja plus clair. Merci.
 
Je vais regarder du coté de FoldX et Gromacs si on peut sortir ce genre de donnée.

la mesure doit être facile à faire mais faudrait plutôt voir l'energie d'interaction. tu as testé le systeme avec les 2? juste avec 1 et sans un seul fragment? tu compares tout ça et deja ça te donnera plus d'info

edit: and burned

J'ai écrit fragment, parce que je ne voulais pas parler de chaine. Car je n'ai qu'une seule chaine.
Donc enlever un fragment ou l'autre, je ne pense pas que ça soit possible.

Le Project Chaos voyons!!!

je savais pas si tu parlais des acides aminés ou du reste  

Biochemical Society / Wellcome Trust Focused Meeting on "Protein Evolution - sequences, structures and systems"
 
http://www.biochemistry.org/meetin [...] g_No=SA099
Qui c'est qui y va ? Y'a du beau monde.

Salut les boyaux
 
Pour fêter la défaîte de Mrs. UnintelligentDesign, je veux mettre de l'ordre dans mon foutoir réorganiser mes favoris / bookmark toolbar de Firefox. Vous êtes organisés comment, vous ? Au passage, si z'avez des liens sympas, hésitez pas...
 
(d'ailleurs j'en profite : j'espère que tout le monde connaît Bioxplorer.com - pas mal pour trouver des manuels / bouquins de tous domaines biologiques...)

Bon. J'ai fait de l'Alanine scanning avec FoldX sur mes deux structures. Ca consiste à muter chaque résidu par une Alanine et à mesurer l'énergie différentielle.

"SER to ALA energy change is -2.02476"

J'obtient une valeur de -2.024 kcal mol-1 pour la Sérine et une valeur de 0 pour l'Alanine (logique, vu que changer une Alanine par une autre ne fait rien. ).

On a donc bien une stabilisation de la protéine par l'apparation d'une Sérine (ou à l'inverse une déstablisation par l'Alanine).

Si j'ai bien suivi le concept, ma Sérine va augmenter la stabilité de la protéine et elle sera plus difficilement mobile qu'avec un alanine.

Sérine: Mon substrat entre dans la proteine - CLAC elle se referme sèchement - le substrat est processé - CLIC elle se rouvre brutalement.
Alanine: Mon substrat entre dans la proteine - CLAC elle se referme mollement - le substrat est processé plus longtemps - CLIC elle se rouvre mollement.

Ca se tient comme hypothèse ?

 
Je veux pas dire de betises, mais il me semble que c´est l´inverse et que le remplacement de la serine par une alanine se traduti par une baisse d´energie et que ta proteine est plus stable avec une alanine (bon, il faut voir comment les enrgies sont definies aussi, c´est un peu ambigu dit comme ca).

Je ne te le fait pas dire !
 
Mais d'après ce papier, un changement positif se traduit par une stablisation de l'alanine:
" The substitution of alanine for serine at position 117 results in a significant increase in the stabilit y of the protein (+1.27 kcal/mol). "
 
 
 
http://www.sciencedirect.com/scien [...] 86e2049006

c'est marrant (ou pas), tout ça me fait penser à 2 papiers:
Generalized born models of macromolecular solvation effects de Case
qui utilise une methode de calcul pour la stabilization dû au solvent.
 
et surtout à http://www.jbc.org/cgi/content/full/278/20/17581 qui utilise la methode citée au dessus pour comparer des energies de la même façon que tu le fais, même si dans son cas c'est pas des differents acides aminés.

 
C´est curieux de definir une energie qui soit positive quand on a une stabilisation mais c´est leur probleme. Je reponds donc a la suite de ton autre post en considrant que la forme avec la serine est plus stable
 

 
Pas exactement, l´important est que l´equilibre entre les differents etats de ta proteine soit modifie. Pour schematiser et si j´ai bien compris, ta proteine peut exister sous trois etats differents avant la catalyse :
- 1 : boucle ouverte, pas de substrat
- 2 : boucle ouverte, substrat present
- 3 : boucle fermee, substrat present
Ces trois conformations etant en equilibre les unes avec les autres suivant le mecanisme 1<->2<->3 → catalyse
Pour accelerer la vitesse de la reaction k=kcat[3], il y a deux posssibilites : la premiere est d´agir directement sur l´etape 3→catalyse en augmentant le kcat, mais ca n´a pas l´air d´etre le cas ici. L´autre possibilite est d´augmenter la quantite de proteine dans l´etat 3 en deplacant les equilibres precedents. Or il se trouve qu´avec la serine, l´etat 3 est plus stable qu´avec l´alanine, donc tu t´attends effectivement a augmenter la quantite de proteine dans l´etat 3 et donc la reaction va etre accelere. Note bien qu´il faudrait egalement mesurer les differences d´energie S-->A dans les etats 1 et 2 et verifier que la difference d´energie est alors plus faible
 

 
Ca se tient mais je vois plutot ca comme ca :
Serine : le substrat entre dans la proteine, la boucle se ferme, le substrat se fait processer, la boucle se rouvre et le produit part.
Alanine : le substrat rentre, il resort, il rerentre, la boucle se decide finalement a se fermer, puis elle se rouvre, se referme, se rerouvre, puis le produit reresort, pui il rerentre ………. puis la boucle se rerererererereferme, le substrat est finalement processe, la boucle qui ferme toujours aussi mal se rouvre et les produits partent.

En tout cas, merci pour toutes ces précisions.
 
Je vous tiens au courant.

Je te vois toujours pas du coté du topoc thésard!

Pour y faire quoi ?

Te faire diskobecker allegrement! (et contribuer à faire avance le topoc pour que TDK ne soutienne pas avant la page 1000).

J'ai compris !!!
C'est des ΔΔG et non des ΔG:
http://www.pubmedcentral.nih.gov/a [...] id=1160148
 
"Alascan. The command performs a virtual alanine scanning of the protein and evaluates the direct effect each single point mutation has on the overall stability of the protein. Each position (except glycine and alanine) of the given protein is truncated to Alanine and the position of the neighboring side chains is optimized. The result given is the difference in energy (ΔΔG, in kcal mol−1) between the ‘mutant’ and the ‘wild-type’ structure, decomposed into the FoldX energy terms."
 
Et mieux expliqué ici:
http://proteins.gmu.edu/automute/A [...] tails.html
"In the case of supervised classification, each mutant belongs to either the “increased stability” or “+” class if experimental ΔΔG ≥ 0, or the “decreased stability” or “–”  class if ΔΔG < 0."
 
http://www.doaj.org/doaj?func=abstract&id=255532
"In order to overcome this problem we describe a new predictor that discriminates between 3 mutation classes: destabilizing mutations (ΔΔG<−1.0 kcal/mol), stabilizing mutations (ΔΔG>1.0 kcal/mole) and neutral mutations (−1.0≤ΔΔG≤1.0 kcal/mole)."
 
Donc,  
ΔΔG (SER => ALA) = -2.024 kcal mol−1  ==> Perte de stabilité en passant de Sérine à Alanine
 
 
 
 

donc le ∆G de chaque acide aminé correspond à quoi? l'energy de Gibbs dans le solvent

Non, je pense que c'est le ∆G global de la structure, calculé comme ceci:

En gros, le programme calcule le ∆G global de la structure. Il fait ensuite la mutation du résidu en Alanine, optimise un peu et recalcule le ∆G global. La différence d'énergie correspond à l'apport du résidu d'origine dans la stabilité globale.

Bordel !!!
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed [...] d_RVDocSum
 
"However, since most mutations are destabilizing (DeltaDeltaG>0),"
 
Je capte que dalle....      

Erf. Ca peut être une coquille aussi hein.
Edit: visiblement, non.

Le problème, c'est que c'est une différence entre WT et Mutant. Le signe change selon la façon dont tu compares...

Bah, généralement on prend le WT comme référence... Sinon, c'est space!
A la rigueur, osef du signe, faut déjà que la différence d'énergie puisse justifier une activité différente. Après, en effet, regarder dans quel sens...

Ben d'après le post au dessus, quand c'est entre -1 et +1, ça ne change rien, et en dessous de -1 ou supérieur à +1, ça change quelque chose. Donc avec mes -2.024, il se passe quelque chose sur ce site.

 
Dans ce sens la, ca me semble nettement plus logique

Pourquoi?
Si c'est plus instable, on a un deltaG plus négatif.
Donc si on soustrait un truc négatif à un truc à un truc encore plus négatif, on obtient encore un truc négatif.
Alors que si on a une stabilisation, on obtiendra un delta delta positif, non?...
Schéma pour être plus clair:
(--) - (-) = (-)
(+) - (-) = (++) ....  
Non?...

Petit essai:

ΔΔG = ΔG_WTserine - ΔG_MUTANTala

Suppusons que:
ΔG_WTserine = -200
ΔG_MUTANTala = -198

=> c'est le mutant qui est moins stable (car Energie libre + élevée).

ΔG_WTserine - ΔG_MUTANTala  = (-200) - (-198) = -2.024 kcal mol−1

=> ΔΔG négatif suppose bien que le WT est plus stable que le mutant.
=> ΔΔG positif suppose bien que le Mutant est plus stable que le WT.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed [...] rom=pubmed
 
Rebelotte, ça stabilise par du positif:
"Of six individual residue substitutions, four (K131A, D161A, E190A, and D213A) substantially increased protein stability (by 0.46-4.23 kcal/mol), broadly consistent with prediction of a stability-activity trade-off."
 
Je vais peut-être écrire au concepteur du soft...

 
Pour moi, une definition logique serait :
 
DeltaG=G(proteine repliee)-G(proteine depliee) qui est negatif etant donne que la comnformation repliee correspond a un etat plus stable.
DeltaDeltaG=DeltaG(mutant)-DeltaG(wt) qui sera negatif si le mutant est plus stable et positif si il est moins stable (ce qui sera le cas la plupart du temps)
 
Reste a savoir si les auteurs du papier en  question ont la meme logique ou pas.

 
C´est comme ca que je vois les choses  

 
Non, la c´est juste un abus de langage de la part des auteurs. Si tu vas voir la suite du resume, c´est aussi positif pour les mutations destabilisantes. Pour moi, il faut comprendre :  4 mutations stabilisent la proteine avec des differences d´energie en valeur absolue de 0,46 a 4,23 kcal/mol (mais elles sont negatives et donc comprises entre -4,23 et -0,46) tandis que deux destabilisations correspondent a des differences d´energie de .... en valeur absolue (et elles sont positives)

Euh...non. Dans le tableau 1, elles sont clairement positives.
http://pubs.acs.org/cgi-bin/sample [...] 0507d.html