Dans ce cas, je te conseille de commencer par communiquer : assure-toi que les élèves sont bien informés que certains types de fichiers sont prohibés, et défini-les précisément : AVI, MP3, etc.
Ensuite, tu fais un nettoyage global des types de fichiers interdits. Mais je te déconseille, de fouiller dans le détail de chaque dossier, car tu rentres dans le domaine de la vie privée.
Autre solution : mettre le stockage nécessaire pour tous tes élèves, ou réduire le quota déjà en place.