A mon avis tu te lances dans un ras de marrée plein de bugs car les programmes s'installe partout dans le disque dur: fichier temp, appData,document, etc...
Soit tu clones ton disque avec un autre logiciel, soit tu réinstalles. Le copier/coller ne marche pas ou alors c'est vraiment aléatoire.
De plus tous les fichiers(raccourci et autres) connaissent l'adresse de leur programme et ressource, donc en changeant simplement de place tu fausse toutes les adresse.
Je ne sais pas si c'est très clair mais c'est pas une bonne idée.
Essais de trouver un logiciel qui déplace les programmes.