Oui, c'est vrai que les OCR ont besoin d'une bonne résolution pour obtenir de bons résultats. Ou bien, il faut utiliser les fonctions d'apprentissages qui sont offertes par certaines versions de certains OCR. Mais cette apprentissage est long et fastidieux.
J'avais étudié les OCR, et ma conclusion était que les trois meilleurs logiciels d'OCR sont Abbyy, Omnipage et Readiris, dans cet ordre, et que les autres sont loin derrière ce trio. Si ces logiciels ne vous donnent pas satisfaction, je crains que vous ayez du mal en trouvez d'autres qui soient meilleurs.
Si Abbyy manque d'automatisation, vous pouvez sans doute le combiner avec un logiciel d'automatisation tel que AutoIT ou WinParrot.
Pour la sortie, vous pouvez procéder en deux étapes : d'abord enregistrer sous un format plus facile que le format PDF, et ensuite convertir ce document au format PDF, dans le cas où l'OCR ne ferait pas directement du PDF, ce qui arrive parfois.