la solution à tous tes problèmes : VirtualDub.
Tu ouvres le fichier avec Vdub, tu t'en sert pour faire toutes tes opérations de resize et cropping pour obtenir une image de la taille correcte (jte laisse faire les calculs c'est simple) c'est à dire 352*288 pour du VCD, 480*576 ou autres pour du SVCD/XVCD. Ensuite tu frameserve depuis Vdub vers TMPGenc, comme ca t'elimine au passage les problèmes de son (je crois que TMPGenc ne prends que le PCM uncompressed en source ce qui explique ton problème).
Finalement dans Vdub je ne te conseille pas le CQ mais le 2pass VBR, ca va prendre vachement de temps et justifier ta config. MAIS le débit sera bien respecté.
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Le topic du QLRR et FIRE - Knowledge is power. Power corrupts. Study hard, become evil.