Ce n'est pas le passage du débit variable à fixe (comme le dit arnuche), mais plutôt : une mauvaise gestion des timestamps par votre logiciel lors du ré-encodage. Par ailleurs, le changement de résolution (1440x1080 → 720x480) a perturbé le framerate et peut-être la conversion du conteneur (BDAV → MP4) est mal gérée.
Perso, j'ai converti des dizaines de Blu-rays BDAV avec un logiciel dédié sans jamais avoir de sync audio/vidéo, il recalcule automatiquement les timestamps et ajuste le conteneur MP4 pour éviter les dérives. De plus, y a une prévisualisation en temps réel avant conversion pour vérifier la sync
Conseils : Si vous réduisez la résolution, gardez un débit minimum de 3500 kbps pour du 720x480 (2500 kbps est un peu juste pour conserver les détails). Testez toujours un extrait de 30s avant de convertir l'intégralité.