Je connais un logiciel qui le fait bien pour la compression des images, mais pas pour les vidéos. Mais il est évident que ça doit exister.
Si tu veux un minimum de perte de compression, je ne suis pas sur que ce soit une bonne idée de les compresser toutes à la volée, surtout si elles sont de résolution différentes. De plus, un compression à deux passes est préférable, et si tu fais toutes les vidéos à la fois, ça va en mettre, du temps ... Petits bouts par petits bouts me semble être plus bénéfique à tous les points de vue.