Bonjour,
Personnellement, je te recommanderais Drupal. Ce logiciel de gestion de contenu contient un module "book" qui permet de gérer un système équivalent aux dossiers dont tu parles (un "book" contient un nombre illimité de pages que tu peux organiser dans l'ordre que tu veux, tu peux aussi les organiser sous forme d'arborescence).
La navigation dans le "book" et les tables des matières sont générées automatiquement par Drupal.
Bien sûr, il remplit aussi toutes les autres fonctionnalités classiques d'un CMS.
N'hésite pas si tu as d'autres questions. Pour info, tu peux jeter un oeil à un site que j'ai réalisé avec Drupal : BonjourFitness
Vincent.