Oh oh oh... J'ai trouvé le soucis.
J'ai du relancer ntp-client et il n'a pas voulu redémarrer, avec un message d'erreur relatif au réseau... (bien que le serveur soit parfaitement accessible depuis internet comme en local).
En fait, le nameserver a disparu de /etc/resolv.conf (pour une raison inconnue).
Je l'ai remis, et j'ai pu de nouveau démarrer le service ntp-client, et..... synchroniser portage !