Qu'est-ce que tu veux faire exactement ?
Si tu changes pas la disposition des disques, y a rien besoin de faire tant que tu touches pas au MBR.
Si tu veux swaper hda/hdb, tu peux booter avec le CD d'Ubuntu pour réinstaller grub depuis l'installeur (je sais plus trop où, mais t'as un mode de récupération qui te permet de faire ça), et pas oublier d'éditer le fstab.