Il n'y a aucune méthode idéale:
Soit tu a un seul ftp qui regroupe tout les logiciels, et tu es à la merci d'un seul serveur. (Mais on peut améliorer ce système en creant des mirroirs, comme Debian).
Soit on récupère les sources directement chez l'auteur (comme Gentoo ou les port FreeBSD), et la comme il y a autant de serveur que de logiciel, la probabilité qu'au moins un des serveurs se fasse corrompre est d'autant multiplié.
Quoiqu'il en soit, que les serveurs soit corrompu est toujours possible (ca c'est déjà vu: http://www.debian.org/News/2003/20031202 ) et existe aussi dans le monde du logiciel non libre. La différence, c'est qu'en général, dans le monde du libre, une plus grande transparence est de mise.
Sinon, pour les plus parano et à propos d'auditer le code source de toute les application qu'on utilise, il y a cet article tres interessant qui en parle (par Ken Thompson, un des papa d'Unix) :
http://www.acm.org/classics/sep95/