La facon dont tu decris les symptomes me laissent penser a un virus ou un cochonerie qui traine sur ta cle ET sur ta machine.
La premiere chose que je ferais sur ton systeme est un bon gros scan, bien comme il faut, parce que ca me semble pas bon.
Pour la recuperation des fichiers effaces, je te conseille Recuva :
http://www.piriform.com/recuva
Par contre, le soft n'est pas non plus un magicien. Si les secteurs on ete reecrits, c'est mort. Tant que la situation n'est pas eclaircie, ne reutilise pas ta cle, sinon tu risques de faire plus de mal que de bien.