Sur certaines mobo ,lorsque le sata est activé , j'ai remarqué que les hdd sata etait reconnu comme hdd ide primaire ou secondaire suivant ce que t'as configuré dans le bios.
ton pb doit surement venir de là , si ton hdd sata est reconnu comme disque ide primaire , ca "remplace" le reste de ta config ide primaire par exemple.