Tout dépend de l'implémentation.
Par rapport à un contrôleur 4 ports interfacé en PCIe 1x, il y a de fortes chances que ça soit plus performant, mais si ce contrôleur est interfacé en PCIe 4x il est probable que ça ne change rien.
Là où ça va par contre changer, c'est sur la complexité des cartes maman et accessoirement probablement sur la conso.
Enfin... l'USB3 a quand même un intérêt assez limité et ça risque de durer longtemps, vu que le seul périphérique apte à l'utiliser est la clé USB (pour les HDD il y a l'eSATA), à ceci près que c'est pas franchement pratique:
- très peu de boîtiers équipés d'USB3 en façade
- très peu de clés assez performantes pour profiter réellement de l'USB3 (et aussi chères que des SSD...)
- très peu d'utilisations qui nécessitent un débit supérieur à 30Mo/s (soit 30" pour transférer un CD, 2'30" pour transférer un DVD simple couche et 5' pour un DVD double couche... c'est pas franchement la mort)