utiliser du RAID pour le stokage tu risques Gros, et pas qu'une question de fiabilité des disques mais souvent en changeant de carte maman tu es obligé de tout formater de tout recréer bref, perte de temps, et insécurisant.
simplement change tes 640go pour un seul 2to, tu aura les débits des disques en RAID 0 mais sans les risques (plus le disque et dense plus il débite, regarde les Benchmark pour vérifier), et moins de prise de tête, bref tout bénéf.
sinon tu as un utilitaire exceptionnel, indispensable pour les SSD qui est
Link shell extension http://lmgtfy.com/?q=link+shell+extension
pour tous ce que tu souhaite faire fonctionner sur le SSD et inverse, tu n'as que 2 clics à faire pour déplacer le dossier et tu crée un lien simbolique (simple clic droit PICK LINK SOURCE sur le répertoir déplacé, plus tu retourne à l'emplacement d'origine et tu fait clic droit, DROP SYMBOLIK LINK )
par exemple, tu installe crysis sur ton DD, tu déplaces le dossier sur le SSD, une seule fois, et tu crée le lien et c'est fait, pas besoin de user ton SSD pour rien.
autre exmple ton navigateur internet avec son cache, tu le déplace sur le HDD ( moi j'ai fait un RAMdisk) un petit lien symbolique et voila.
essaye sur ta configuration pour comprendre c'est super simple .
enfin pour l'alignement, je te conseil de tout formater avec windows seven et le laisser créer les partitions car celles faites avec XP ne le sont certainement pas.
bonne chance