Déja tu as évité un écueil énorme: tu as installé ton OS Vista/XP alors qu'il n'y avait que ton SATA de connecté: parce que souvent Windows s'amuse à mettre le secteur de démarrage sur le disque "non principal" (moralité, quand tu enlèves ton 2e disque=données, ton système ne boote plus...)
Ceci étant dit
Si tu as une carte-mère moderne, a priori tu as plein de SATA, et un seul connecteur IDE : donc tu dois chainer tes 2 disques IDE sur cette nappe, celui en bout de nappe est en MASTER idéalement, et le plus proche du controleur en SLAVE (pas obligatoire, mais c'est la config la plus clean).
Enfin et surtout : dans le BIOS, tu peux/dois choisir la séquence de démarrage (floppy, CD, HDD etc) mais également le disque dur sur lequel tu veux booter. A verifier donc que ce soit bien le SATA qui est défini actuellement en 1er.
Avec tes disques bien définis en MASTER/SLAVE et le SATA en 1er boot normalement aucun souci