M'est avis que tu devrais les mettre sur le disque le plus rapide. Lorsque tu lances un programme, tu as rarement des lectures simultanées sur des fichiers de l'exécutable et des fichiers système, c'est plutôt séquentiel => les mettre sur un autre disque dur ne t'offrira pas de gain.
Pareil pour le swap, le coup de la partition dédiée c'est un peu du pipeau. Dès que tu swapperas ce sera lent, disque dur à part ou pas.