Si tu n'as pas encore installé Win2000 ou XP (parce-que je suppose que c'est ce que tu veux faire avec du NTFS), il te demandera pendant l'install si tu veux laisser le système en FAT32 ou en NTFS.
Si tu as déjà installé Win, tu es grillé pour la partition système (format obligatoire), mais pour créer d'autres partitions, tu vas dans:
Panneau de config >> Outils d'administration >> Gestion de l'ordinateur >> Stockage >> Gestion des disques
Là, tu peux faire tes autres partitions comme tu veux.
Tu peux aussi utiliser un logiciel comme Partition Magic.