le mieux serait de mettre les DD sur 2 nappes différentes, c'est pas top de les mettre sur la même.
en général en IDE on met sur une même nappe un DD et un lecteur cd (le DD en master, le lecteur en slave), pas 2 lecteurs ou 2 DD.
sinon pour le formatage cela ne se fait pas dans le bios, mais avec le cd de windows, avant d'installer windows en lui même il te propose de créer des partitions, et de formater celle où tu mets windows (les autres partitions tu les formates ensuite directement depuis le poste de travail de windows, clic droit et "formater le disque", comme pour les disquettes