lorsque l'on branche 2 DD  
1 DD SATA l'autre DD IDE est il necessaire de positionner  l'un en maitre l'autre en esclave

Celui qui est en IDE, mets-le en CS (cable select). Et si ça ne marche pas, mets-le en master.
 
Il n'y a pas de notion de master/slave/cable select dans le monde du SATA puisque chacun a son câble rattaché directement à la mobo.  Alors que dans le monde IDE, les nappes sont conçues pour être partagées par 2 périphériques (disques durs, lecteurs CD, graveurs).

et apres pour installer l'OS

Tu branches un seul disque pour être sûre d'installer l'OS sur le bon disque, puis tu brancheras l'autre disque une fois l'OS installé.

c'est ce que j'ai fait le DD ÎDE branché seul pas de pb  
le 2eme DD SATA impossibilité de formater