Reprise du message précédent :

 
tu as fait quoi exactement comme programme ? Et niveau boulot ca donne quoi ?

A nantes y a un master bio informatique pour les non informaticiens qui va peut etre ouvrir pour 2004/2005.
 
Vous pouvez toujours candidater même si il n'est pas encore officiellement ouvert.

 
y'a un site web ? un telephone ?

 
Salut,
t'as fait ton stage où ?
Ta promo a trouvé facilement des stages ?
Y en a-t-il qui poursuive en CDD/CDI ?
 
//-----
J'en profite pour m'excuser auprés de Yop ma caille pour l'avoir féminisé dans un précédent message.

Moi dans ma promo, on a un peu galéré pour trouver un stage. Résultats: 2 dans le privé et 12 dans le public.
 
Pour la poursuite en CDD ou CDI, on verra bien.

C'est marrant de comparer les listes d'admission des dess de bioinfo de clermont ferrand, toulouse et montpellier.
 
Y'a les mêmes noms qui reviennent Les gars/nanas doivent vraiment avoir des dossiers en béton armé pour être acceptés/bien placés en liste complémentaire aux 3.

Dans les admissibles, c'est encore plus béton nan? (liste complémentaire=liste d'attente si j'ai bien suivi?)

il y'en a plusieurs qui sont admis dans 2 sur les 3

 
J'ai fait 7 dossiers de demande en dess info.
J'ai eu jusque là 4 refus directs sans liste d'attente, et une admission directe sans liste d'attente.
 
 
C'est le master 1 bio info de nantes, je ne trouve plus la page du master 2.
http://www.univ-nantes.fr/SI00169/ [...] formation/
 
Je viens de le trouver, il n'ouvrira pas en 2004-2005
http://www.univ-nantes.fr/servlet/ [...] formatique

drapal  

Je vous annonce l'ouverture d'un portail dédié à la bioinformatique, news, forum, formations, emploi, etc.
Venez nombreux pour participer    
 
http://www.bioinfo-fr.org

Ba euh le programme du DESS de clermont est pas mal foutu. Y a une remise a nivo en info pour les gens ki viennent d'un milieu plus bio, et une remise à nivo en biologie pour les geek.. euhh les informaticiens ^^
Nivo programme c plus orienté génomique transcriptomique, et en info on fait des graphes (bcp), de la BDD, du codage (c, c++ et une peu de jawa) euh. y a aussi plein de courts de bioinfo...
En plus l é pas tré difficile (moi j viens de l IUP bioinfo d Evry, j ai galléré qu'en math, mais c ptetre pk au lieu d aller en math on allait au ski ) !!

Salut,
 
J'ai besoins de conseils, avis etc. question orientation.
 
Mon cursus: Un DEUG SV + un DUT génie informatique (en année spéciale = en 1 an), le tout sur Lyon
 
J'étais en DUT info cette année et ça a bien marché.
J'ai posé diverses candidature en info et en bioinfo.
Au final j'ai été pris en école d'ingénieur info (UTBM, Belfort).
 
Mais voilà que ça se corse: il y a deux jours, j'apprend que je suis pris à l'Insa de Lyon en BIM = "Bioinformatique et Modélisation".
 
Je dois choisir dans les jours à venir...
 
 
Pouvez-vous répondre aux questions suivantes:
 
- Y a t-il des débouchés en bioinfo?
--------------------------------------
...On dit à la fois que c'est l'avenir mais aussi que c'est déjà saturé car les formations universitaires en bioinfo se créent un peu partout.
 
- Le titre d'ingénieur bioinfo INSA, un avantage?
--------------------------------------------------
Le seul diplôme d'ingénieur en bioinfo en France fait-il une différence avec les master bioinfo au niveau recrutement?
 
- Un ingénieur info peut-il faire de la bioinfo?
-------------------------------------------------
J'étais parti pour faire ingénieur info (option génie logiciel ou image) à Belfort.
C'est un diplôme plus généraliste certes, mais je voudrais garder ma spécificité puisque j'ai fait un DEUG SV et mon stage de DUT au Pôle Bioinformatique Lyonnais.
 
 
Tout avis sera le bienvenu!!!

Tu envisages de bosser dans le public ou dans le privé apres tes études ?

Il y aura toujours besoin de spécialistes dans ce domaine. (consulte les offres d'emploi des boîtes pharmaceutiques ou de biotech par ex.)
Par rapport à un mastère, un ingé devrait être avantagé en France (règle générale qui devrait se trouver vérifier même dans ce domaine très particulier). Par contre l'aspect recherche passe à l'as dans les 2 cas et c'est quand même ça le plus recherché parmi les JD (bon c'est aussi ce genre d'annonces que je regarde donc forcément ...).
 

Bonjour tout le monde
j' ai un DEA en biologie, je viens de passer 3 ans aux USA dans un labo et je viens de rentrer en France, et evidemment je ne trouve pas de travail interessant en biologie, soit je suis trop diplome soit pas assez...
Donc voyant que le marche du travail en bioinfo ne se porte pas trop mal (?:1ere question), je pense m inscrire a un DESS (ou autre?) pour enfin apprendre quelquechose qui me permettra de trouver du travail...
Questions :
faut il etre une bosse des maths pour entreprendre une formation en bioinfo ?
faut il avoir de solides bases en informatique ou est ce qu'un bleu peut s y mettre ?
et enfin, est ce que quelqu un peut me conseiller un bouquin pour m initier avant de commencer mes cours, histoire de prendre un peu d avance ou en tout cas de ne pas etre largue des le depart ?
ah, et j oubliais, par quel langage de programmation commencer ?
MERCI BCP pour tous les eclaircissements que vous pourrez  apporter

La bioinfo est un peu redescendu. Y'a cinq ans, on venait te chercher en rolls si tu faisais un peui de prog en étant biologiste. Maintenant, c'est plus du tout le cas. C'est surtout du au fait que le génome humain a été décodé, et que certains espoirs se sont envolés. Mais à mon avis, ça va repartir, mais quand je ne sais pas.

Pas forcement, ça dépend du domaine dans lequel tu te diriges.

Oui. Programmation indispensable. Tout se fait en ligne de commande (shell). Et on bosse principalement sous station de type Unix (Sun, HP, Linux).

http://www.adwarereport.com/books- [...] 16965.html
http://www.oreilly.fr/catalogue/bioinfo.html
 
Mais je te conseillerais plutot de faire un peu de programmation en Perl ou en C si tu veux vraiment prendre de l'avance.

PERL, c'est la reine en bioinfo.
Java est aussi très demandé.
C/C++ également.
Et bien sur, les script shell de Linux.
 
 
Si tu veux vraiment te lancer dans la bioinfo, n'oublie pas que le job se passe ensuite à 100% devant un écran d'ordi. Faut aimer ça...
 

 
 
Dans quel labo as-tu fait ton PhD, sur quel sujet ?  

[citation=332255,80,17][nom]RykM a écrit[/nom]Dans quel labo as-tu fait ton PhD, sur quel sujet ?  
   
bonne question...          
en fait, si je ne trouve pas de taf c est que je n ai pas de PhD  
et je commence a comprendre que ca serait peut etre plus "simple" pour moi de faire une these que d apprendre la programation et tout le delire bioinformagique, car ca a l air extremement complique et plutot lourd comme apprentissage
je doute que l on puisse, ex nihilo, devenir informaticien en 10 mois de cours...          
pour quelqu un qui n aurait jamais touche d ordinateur, combien de temps faudrait il pour pretendre etre bioinformaticien digne de ce nom ?  

arfff
svp, eclairez moi !!!!  

J'arrive !!!!
attend 2sec.

En bioinfo, tu dois aussi faire une thèse maintenant si tu veux avoir un bon job plus tard...
A la limite, tu peux faire une thèse maintenant en biologie, apprendre à programmer un peu en même temps, et ensuite faire une spécialisation en bioinformatique. C'est tout à fait possible.

Bah, y'a quelques concept assez simple à apprendre. Mais faut en avoir envie.    

Ca dépend de la personne. Mais c'est vrai qu'il faut un certain feeling avec les ordis.
C'est quoi qui t'attire dans la bioinfo ?

 
Pourquoi veux-tu a tout prix bosser dans la bio-info ?
 
Ne serait-il pas plus simple de faire valoir ce que tu as appris pendant ces 3 ans aux US ? Sur quel sujet travaillais-tu, quelles techniques as-tu apprises ?  

Salut à tous!
 
Je suis en master 1 info, j'ai une option bioinfo et j'ai une question (exams oblige...)sur le sequençage de l'ADN.
Dans l'approche par clones, combien de molécules d'ADN a-t-on au départ?Si il y en a une seule, pourquoi a-t-on des chevauchements par la suite?
 
Merci

Bon alors déjà vu la question je pense que tu devrais reprendre les techniques du séquençage parce que là t'as pas bien compris il me semble... ça dépend de la façon dont les clones sont sélectionnés et de ce qu'il y a dedant( BAC, plasmide, YAC ? précise plus ) de l'étape ou tu est , si c'est un clonage aléatoire ou pour finaliser...
 
 
Mais typique du problème des bio informaticiens ils y connaissent tellement rien en bio qu'il est plus rapide de ce mettre au C/C++ que de leur apprendre les notions de bio...regarde le marché des biotechs tu va galerer a trouver un job !
 
Lolo

 
Merci pour l'intervention; sympa...
Je vais être plus précis.Dans mon TD (fait par un bio-informaticien et pas par un pur biologiste...), on me dit qu'on part d'une molécule d'ADN qu'on découpe avec une enzyme de restriction. On met ces coupures dans des BAC et on obtient des clones de chacune de ces coupures (Reprenez moi dès que je dis des conneries) .Pour l'instant si je comprends bien on a des bactéries qui contiennent des BAC et on va récupérer (Je ne sais pas comment) les coupres d'ADN incluses dans les BAC.
A partir de ce moment nous avons donc des coupures et leurs clones et le TD me dit qu'on doit réorganiser les clones les uns par rapport aux autres grâce à des chevauchements.(après c'est l'étape du shotgun je crois)
Mes questions sont donc:
- pourquoi fait on des clones?
- si on utilise une seule molécule d'ADN, comment peut il y avoir des chevauchements?
 
Voilà, j'espère que j'ai été clair et que vous pourrez m'aider.

Bon alors déja on récupere les BAC (on va simplifier hein on va dire plasmide parce que bon ca fait un peu pompeux "Bacterial artifical chromosome" ) donc selectione les bacteries qui ont recu le plasmide grace à un gene de résistance qui est sur le plasmide( avant il y a eu une étape insertion de l'ADN "etranger" dans le clone et pour ca il y a plein de méthode disponibles DONT le shotgun ) ensuite on fait une preparation de l'ADN du clone et on séquence chaque insert.
 
Le truc que l'on t'as tres mal expliqué c'est que c'est une digéstion enzymatique menagé pour faire la banque ( on met pas assez d'enzyme ou on travail pas à la bonne temperature )! donc sur la population de tous tes plasmides transformé on à frocement des morceaux qui vont se chevaucher et donc on pourra reconstruire le génome de départ en entier...
 
Bon c'est quand meme un peu plus compliquer que ca mais l'idée est là.  
 
Mais je réitere ma remarque je comprend pas l'interet d'un option Bioinfo si on comprend rien a la bio ! vous faite quoi dans le court ? des calculs de proba pour savoir commbien de clone séquencer ? des chaines de Markov ?  
 
Lolo

 
la remarque est valable dans l'autre-sens aussi hein! c pas avec un module ou une formation de 6mois/1an que tu acquiers vraiment une double compétence.  
 
ça te donne seulement une base et c'est ensuite la poursuite des études ou l'expérience qui font que tu peux vraiment être compétent dans les 2 domaines

Mmmouais bon je suis pas trop d'accord parce que finalement ce dont on a besoin en bioinfo ca vole pas tres tres haut en general, donc soit on doit pouvoir le faire nous meme, soit on va voir un vrai mec qui fait des math/info qui pourra nous aider.
 
Pour moi le probleme c'est que souvent ( pas toujours hein il y en a qui sont tres bon ) le mec qui est bioinformaticien il est vraiment pas tres bon en bio donc il fait de la "mauvaise" science si un "vrai" biologiste le recadre pas ( voir les publi de pure bioinfo c'est souvent un peu trop théorique). Voila pourquoi j'aime pas trop les formations dites "bioinfo" qui sont tres à la mode ces derniers temps ( m'enfin un peu moins c'est 2 dernieres années il est vrai).
 
M'enfin bon courage pour tes exams !
 
Lolo

Enfin un mot agréable lol
 
Je compte pas bosser dans la bioinfo de toute façon. J'ai deux amis qui sont sortis de dess bioinfo et une des raisons pour lesquelles ils ont choisi cette formation, c'était la possibilité de rencontrer des gens différents et ouverts d'esprit, de partager , d'échanger.
" soit on va voir un vrai mec qui fait des math/info qui pourra nous aider." Qu'est ce que tu entends par là? Il y a beaucoup de bioinformaticiens qui ont un bon niveau en maths et en info.(mes potes ont fait un DEUG de maths et info puis une licence+maitrise info).Enfin, tout ça pour dire qu'il faut pas demander à des biologistes d'être informaticien et à des informaticiens d'être des biologistes. Avoir une culture minimum dans l'un de ces deux domaines permet un gain de temps,une meilleure compréhension. Quand tu auras besoin d'un informaticien et que tu iras voir ton pur matheux/informaticien, prends avec toi des cours de bio et arme toi de patience...

oui oui tout a fait c'est ca que je veux dire !
 
il faut des bon en math/info qui conaissent un tout petit peu la bio et des biologiste qui ont une vague vision de l'info. Je crois pas à la formation de "bioinformaticien" qui sont capable de tout résoudre eux meme... donc on est d'accord.
 
Mais je trouve que la fac à tendance actuellement a faire des formations qu'elle appelle "bioinformatique" et qui ne forme ni des mecs qui font des bon informaticiens ni des bon biologiste et c'est ca que je critique. Et en plus je pense que ca commence a passez de mode ce coté "bioinfo" le séquencage à outrance on se rend compte que ca n'a qu'un interret limité ( voir le généton qui ramme pour trouver des projets de séquence !). Le truc que l'on a besoin en bio c'est de l'anlyse de nombreuses datas ( type microarray ou autre ).
 
pour revenir au profil Math/Info je crois que la difficulté en bioinfo c'est pas de réaliser le petit bout de programme qui te donne le résultat c'est plutot d'etre sur de l'algorithme derriere qui te calcule tout ca.
 

C'est clair, mais y'a encore beaucoup, beaucoup de donnée à analyser, niveau séquence. Et plus on séquencera d'espèce différentes, plus on arrivera à émettre de nouvelles hypothèses, niveau évolution et fonctionnalité des gènes et protéines.

Salut,
 
donc je suis moi aussi interessé par cette voie. JE fais actuelle un IUP GMI (génie mathématique et informatique) à Montpellier. Je viens d'obtenir ma seconde année (licence) mention AB. En 3eme année (maitrise) on commence par un stage de 4 mois et j'ai justement trouvé quelque chose dans la bioinfo sur Montpellier. Enfin bioinfo plus ou moins mais en tout cas dans un labo de recherche appartenant à l'ifremer. Donc j'espere que ce sera un bon point de départ.  
Si le stage me plait j'aimerai m'orienter soit vers un masterII en bioinfo soit partir 1 an en erasmus et si possible faire des études de bioinfo dans un pays anglophone (mais je ne sais pas cmt marche erasmus and co donc a voir).
 
Bref, qu'en pensez vous ? Les premieres pages de ce topic sotn peu encourageante mais date de 2003/2004, est ce que du travail est apparu dans cette branche ?

Ca consiste en quoi le sujet ?

Bof.
Disons que choisir la bioinfo pour être sur de trouver du boulot est un peu casse-gueule. Y'a eu pas mal de reconversion depuis.

Ok, c'est dommage
 
Le stage en fait j'avais le choix entre deux, donc en fait je vais devoir continuer a mettre en place un site sur l'Arbre de la vie. C'est un projet pour créer un arbre phylogénétique regroupant toutes les especes.  
Le second c'etait a propos d'une classe BioLib qui effectue diverses comparaison sur des genes etc etc mais vu qu'on a trouvé le stage a deux avec un pote c'est mon pote qui a pris cette partie mais on va essayer de bosser sur les deux parties ensemble, tout du moins s'interesser et s'investir dans les deux...

Bonjour,
un peu de pub  
http://www.ann.jussieu.fr/
 
Il y a pas mal d'offre de bourses de thèses ces temps ci à l'ENS, l'INRIA ou P6/P7, ça y va à fond dans la recherche et c'est du long terme donc probablement du taff à la sortie dans ce domaine, mais attention il faut être balèze en math .
Pour les masters si votre formation le permet, le mieux c'est le parcours Analyse numérique (il englobe tous les cours de Math-Bio ).
 
Le mieux aussi, aller prendre la température du terrain auprès des doctorants ou jeunes docteurs qui sont à fond dans le domaine (au CMLA, à L'inria-rocq,....)
 
Si on arrive à modéliser mathématiquement un organe ou un système (circulation sanguine par exemple, ou l'air dans les poumons....) on pose forcément un algo qu'il va bien falloir implémenter d'où le lien avec l'informatique.
 

winnt: pour moi, c'est pas vraiment de la bioinformatique au sens strict, mais plutot des maths appliqués que propose le laboratoire Laboratoire Jacques-Louis Lions.

 
Oui t'as raison c'est au cas où que je l'ai posté, on ne sait jamais si qqn cherche sa voie.
 
car c'est vraiment des maths, mais bon il y a un prof qui est docteur en medecine pour recadrer au cas où.
et en thèse, les gus bossent avec la pitié salpêtrière (récemment, j'ai participé à une présentation d'un jeune du CMLA, il bosse sur le poumon et il y a pas mal de simu donc il a du se prendre la tête sur les programmes informatique); mais c'est clair que c'est pas de la bioinformatique au sens strict.
 
Mais si l'on a le niveau ça peut-être intéressant et voilà

Bonjour tout le monde
 
Je vous avouerai que les 3 pages de ce topic m'ont un peu cassé le moral.
 
Personnellement, je suis actuellement en 2ieme année de sv en microbiologie et biochimie (+physio) AINSI qu'en 2ieme année d'informatique.
 
Je pensais faire un double licence (info et bio) et ensuite continuer dans les 2 jusqu'a être bac+5 dans les deux domaines.
 
est-ce qu'avec cette double compétence "totale" je serai en mesure de trouver du travail ou vaut-il mieux que je me consacre juste a l'info (au moins ça repartira tôt ou tard).
 
voila je suis un peu perdu, g pas envie d'avoir galéré toute ces années pour keudal...
 
Puis a voir tout les informaticiens qui veulent faire de la bio et tout les biologistes qui veulent faire de l'info j'ai l'impression que c'est un peu n'importe quoi...
Perso si j'était chef d'entreprise j'avoue que dans ma tête bio informaticien ça serait plutôt une personne avec la double compétence, pas avec 3 ans a tatouiller c/c++ java php BDD et 2 ans a faire du bioperl et essayé de combler 3 ans d'enseignement biologique tout de même lourd (faut la bouffer la chimie générale, biochimie, chimie orga+ microbio génétique + compétence en manipulation physiologie etc.)
 
Bref je dirais que la baisse de l'emploi dans ce secteur viens peut être du fait de l'apparition de "demi"-formation donnant l'accès au tire de bio informaticien tout en n'ayant pas forcément le degrés de connaissance nécessaire dans les 2 domaines.
Parce qu'au fond bioinformaticien demande un gros niveau dans les 2 disciplines, l'un ne va pas sans l'autre...
C'est peu etre un peu rude pour les personne qui veule se lancer au petit bonheur la chance ds la bio en ayant été formé a l'informatique (et vis versa) mais bon je ne pense pas etre aussi eloigné que ca de la vérité...
 
Enfin bon ce n'est que mon humble avis...
Quoi qu'il en soit, pour synthétiser, la bioinfo en france c'est tout mort, c'est pour ca que moi je regarde CNN toute la journée(le pire c'est qu'on prend vraiment du nivo en anglais     )

hello !    

Faut pas lire HFR, c'est mauvais pour la santé et le moral.

C'est pas mal comme choix. Après je ne sais pas quel type de papier tu auras.  
Un bioinfo, c'est minimum un DEA+master (ou DESS+master), et maintenant ils demandent carrement d'avoir une thèse (en biologie, bioinfo, peut importe). Même en industrie.

Pas forcement. J'ai quand même vu peu de biologiste faire de l'info. Faut vraiment être passioné et prêt à passer sa vie devant un écran.
Quand aux informaticiens, c'est surtout pour donner un cadre d'application pour leurs connaissances. Y'en a qui vont dans les banques, d'autres dans les jeux vidéos, d'autres à la nasa, et certains en bio.

Pas forcement non plus. Un bioinformaticien, c'est un biologiste qui connaissent au moins un lanage de programmation et une base de donnée. Et des idées sur quoi faire de tout ça.
Si y'a besoin d'applications lourds ou spécifiques, on fait appel à des vrais informaticiens (qui ont un peu de connaissances en biol).
 

Y'a pas mal de bioinformaticien qui à la base sont des biologiste qui se sont forméd sur le tas, et qui au fil du temps ont maitrisé l'informatique.

Y'a aussi la Suisse si jamais tu cherches dans une région francophone...
 
Quelques pages de job en Suisse:
 
http://www.isb-sib.ch/infos/careers.htm
http://ca.expasy.org/positions/
http://www.ch.embnet.org/pages/jobs.html
 
et une liste française intéressante: http://listes.impg.prd.fr/wws/info/bioinfo