Oui, effectivement.
Pour le stage / projet de fin d'études, tu auras à trouver un stage qui valide les conditions des deux formations, tant en termes de durée, destination que de contenu (enfin, j'imagine que ce dernier point ne doit pas être très dur). La question des conventions tient plus du détail administratif : une fois ton projet validé par les deux établissements, d'après ce que j'ai vu autour de moi, tu fais signer une convention entre ton labo d'accueil (par exemple) et la fac ou l'école, et une partie reste non-signataire. Tu soutiendras très probablement deux fois, donc du côté pédagogique ce sera bon.