https://theconversation.com/covid-1 [...] res-163611
 
Évaluer la dangerosité des variants n’est pas une mince affaire
 
Il est extrêmement difficile de juger de la dangerosité d’un variant uniquement via la séquence de son génome de son génome. Par exemple, les variants alpha portant une mutation supplémentaire (E484K) ont initialement suscité une certaine inquiétude. En particulier, des études de mutagenèse ont montré que des mutations en position 484 (ainsi que dans d’autres positions de la protéine S) permettaient vraisemblablement au virus d’échapper à la réponse immunitaire. Mais il a finalement été par la suite observé que cette mutation n’est pas aussi problématique que lorsqu’elle est présente dans d’autres fonds génétiques (par exemple chez les variants bêta et gamma).
 
Ce phénomène bien connu des généticiens s’appelle l’épistasie : même si deux mutations A et B sont bénéfiques pour le virus quand elles sont isolées, la présence des deux dans un génome peut s’avérer délétère. Plus généralement, l’expression d’un gène peut être fortement modulée par l’expression d’autres gènes, auquel cas le fait de savoir qu’il existe une mutation ponctuelle est insuffisant pour en déduire son effet biologique.
 
Le variant delta a fourni un second exemple illustrant la difficulté à anticiper les conséquences épidémiologiques des mutations.
Le cas du variant delta
 
Ce variant a initialement été détecté en Inde, où d’autres lignées virales proches étaient surveillées, car elles portaient une mutation en position E484.
 
Si, comme pour les autres variants, il est difficile de retracer l’origine exacte du variant delta, on soupçonne en revanche que son émergence pourrait avoir été favorisée par le rassemblement de millions de personnes dans le cadre d’un festival religieux. Rappelons en effet que, plus il y a d’infections, plus le nombre de mutants produits est élevé, et plus la probabilité qu’un mutant se propage dans la population est élevée.
 
Bien que les données en provenance d’Inde soient limitées, le suivi épidémiologique extrêmement détaillé et transparent du Royaume-Uni, notamment ses rapports sur les variants, nous permet d’en savoir plus sur les caractéristiques du variant delta.
 
Il est maintenant quasi établi que ce variant est plus transmissible. En effet, au sein des foyers de personnes infectées par le variant delta, on dénote une plus grande proportion de membres infectés. Par ailleurs, des données préliminaires provenant d’Écosse (issues des mêmes rapports) indiquent que les infections par le variant delta pourraient conduire à plus d’hospitalisations. Enfin, la question de l’échappement immunitaire reste ouverte.
 
Concernant l’immunité vaccinale, on ne détecte pour le moment aucun effet en matière d’hospitalisations (la protection reste de l’ordre de 95 %) et l’effet est limité quand on regarde la réinfection (moins 10 % de protection à deux doses par rapport à une infection par le variant alpha). L’immunité naturelle est quant à elle de plus en plus difficile à quantifier, la couverture vaccinale progressant.
 
En résumé, le variant delta semble donc plus contagieux que les autres variants connus, mais sa propension à échapper à l’immunité semble moindre que celle des variants bêta et gamma. Ce cas illustre le rôle majeur de l’épistasie et les limites du suivi des mutations une à une.

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Évaluer la dangerosité des variants n’est pas une mince affaire
 
Il est extrêmement difficile de juger de la dangerosité d’un variant uniquement via la séquence de son génome de son génome. Par exemple, les variants alpha portant une mutation supplémentaire (E484K) ont initialement suscité une certaine inquiétude. En particulier, des études de mutagenèse ont montré que des mutations en position 484 (ainsi que dans d’autres positions de la protéine S) permettaient vraisemblablement au virus d’échapper à la réponse immunitaire. Mais il a finalement été par la suite observé que cette mutation n’est pas aussi problématique que lorsqu’elle est présente dans d’autres fonds génétiques (par exemple chez les variants bêta et gamma).
 
Ce phénomène bien connu des généticiens s’appelle l’épistasie : même si deux mutations A et B sont bénéfiques pour le virus quand elles sont isolées, la présence des deux dans un génome peut s’avérer délétère. Plus généralement, l’expression d’un gène peut être fortement modulée par l’expression d’autres gènes, auquel cas le fait de savoir qu’il existe une mutation ponctuelle est insuffisant pour en déduire son effet biologique.
 
Le variant delta a fourni un second exemple illustrant la difficulté à anticiper les conséquences épidémiologiques des mutations.
Le cas du variant delta
 
Ce variant a initialement été détecté en Inde, où d’autres lignées virales proches étaient surveillées, car elles portaient une mutation en position E484.
 
Si, comme pour les autres variants, il est difficile de retracer l’origine exacte du variant delta, on soupçonne en revanche que son émergence pourrait avoir été favorisée par le rassemblement de millions de personnes dans le cadre d’un festival religieux. Rappelons en effet que, plus il y a d’infections, plus le nombre de mutants produits est élevé, et plus la probabilité qu’un mutant se propage dans la population est élevée.
 
Bien que les données en provenance d’Inde soient limitées, le suivi épidémiologique extrêmement détaillé et transparent du Royaume-Uni, notamment ses rapports sur les variants, nous permet d’en savoir plus sur les caractéristiques du variant delta.
 
Il est maintenant quasi établi que ce variant est plus transmissible. En effet, au sein des foyers de personnes infectées par le variant delta, on dénote une plus grande proportion de membres infectés. Par ailleurs, des données préliminaires provenant d’Écosse (issues des mêmes rapports) indiquent que les infections par le variant delta pourraient conduire à plus d’hospitalisations. Enfin, la question de l’échappement immunitaire reste ouverte.
 
Concernant l’immunité vaccinale, on ne détecte pour le moment aucun effet en matière d’hospitalisations (la protection reste de l’ordre de 95 %) et l’effet est limité quand on regarde la réinfection (moins 10 % de protection à deux doses par rapport à une infection par le variant alpha). L’immunité naturelle est quant à elle de plus en plus difficile à quantifier, la couverture vaccinale progressant.
 
En résumé, le variant delta semble donc plus contagieux que les autres variants connus, mais sa propension à échapper à l’immunité semble moindre que celle des variants bêta et gamma. Ce cas illustre le rôle majeur de l’épistasie et les limites du suivi des mutations une à une.
Mais les études préliminaires semblent le montrer, peut-être avec le biais des personnes vaccinées, biais que tu as souligné.

Enfin, dans les situations de crise les plus extrêmes, les outils  
numériques pourraient permettre d’exercer un contrôle effectif, exhaustif  
et en temps réel du respect des restrictions par la population, assorti le cas  
échéant de sanctions dissuasives, et fondé sur une exploitation des  
données personnelles encore plus dérogatoire.