En logique pure tu as raison, l'innocence des français qui passaient par là n'implique pas que les juifs qui étaient dans la synagogue étaient coupables.
Mais la psychologie humaine n'a pas grand chose à voir avec la logique. Ce qui a choqué c'est que la distinction faite par Barre, dans une même phrase, entre des "français innocents" et des "israélites", suggérait l'idée d'une partition. C'était peut être involontaire (je lui accorde encore le bénéfice du doute) mais cela a choqué les juifs qui ont pensé "et nous on n'est donc pas des français innocents ?"
Ce genre de réaction bien compréhensible se produirait dans n'importe quelle comparaison pouvant suggérer l'idée d'une partition sur un critère de valeur. Imagine qu'en parlant des caractéristiques physiques d'une population, on distingue dans une même phrase, les "beaux" et les "gros".
Automatiquement, les gros penseront "c'est donc qu'on n'est pas beau, nous ?" même si ce n'était pas du tout l'intention de celui qui a tenu le propos.