Commence par déconnecter tout disque externe (usb, réseau) pour voir si ça vient de l'un d'entre eux.
Ensuite teste tous tes disques avec CrystalDiskInfo (il faut regarder chaque valeur brute et non l'état global) et HDTune en version d'essai.
Un seul disque, même non système, en train de flancher et ça peut avoir un impact sur tout le système.
Quoi qu'il en soit, je ne sais pas ce que tu entends pas "trop de données", mais aucun système n'aime avoir des dossiers trop chargés en nombre de fichiers.
Chaque affichage du contenu du dossier faisant appel au cache de miniatures et des icônes, aux métadonnées des fichiers, etc ...
Note que l'indexation est très utile pour ça.
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