Pour le DHCP en effet faut "parser" le fichier de conf du serveur dhcp sous linux puis créer les commandes permettant d'injecter la conf.
Pour le DNS, tu peux créer ta zone en secondaire sur le 2003 puis faire un transfert de zone, ça migrera le contenu. Puis tu la transforme en AD integrated si c'est un DC et que tu veux cette fonctionnalité. Cependant tous tes enregistrements seront statics. (si tu utilisais des records dynamiques).
Pour la création des zones, faut encore parser ton fichier de djbdns (connait pas, j'utilise bind) pour créer les commandes (ou utiliser wmi) qui créeront les zones.