Je déplace à chaque nouvelle install "Documents and Settings", "Mes documents", TMPs et "Program Files" pour avoir une partition de boot "propre".
Ca marche très bien tant que les softs utilisent les variables d'environement Windows pour s'installer et gérer leurs sauvegardes et paramétrages divers.
Par contre tu n'es jamais à l'abrit d'un soft écrit avec les pieds qui hardcode toutes ces valeurs ...