Quand tu va installer 98, tu va virer le bootmanager de 2000, NTLDR, et donc tu ne devrais plus pouvoir redémarrer 2000.
C'est pour ça que la plupart du temps, pour eviter de se prendre la tête, les gens installent d'abord 98, PUIS 2k, histoire qu'a l'installation il te ponde un boot.ini et de génère le secteur de boot (bootsec.dos) ad-hoc.
J'ai pas bricolé de multiboot depuis quelque temps, mais en ne laissant physiquement que ton second disque et en installant 98 dessus, puis en remettant les deux, tu devrais t'epargner le problème d'ecrasement de NTLDR. Restera plus qu'a modifier les entrées dans boot.ini ou à installer un gestionnaire de boot genre pqboot ou xosl.
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