Humm. Je comprends ton souci, et je ne pense pas que l'option de CCleaner t'aide dans tous les cas.
Vu comment il s'y prend, c'est normal que ca prenne énormément de temps, mais ca va simplement "écraser" la MFT, pas réduire sa taille.
Il y a deux choses que tu pourrais essayer :
1 - L'option de CCleaner pour effacer l'espace libre du disque. Normalement cela devrait remplir le disque avec un fichier vide, et Windows devrait réduire la taille de la MFT au maximum lorsque le disque sera quasi plein.
2 - L'option Tools -> Tracks Cleaner -> Evidence Remover de Revo Uninstaller Free qui m'a t'on dit résout aussi ce genre de problèmes.