Effectivement si le lien n'est disponible que via des popup cela peut poser problèmes (utilisation de javascript pour ouvrir la fenêtre qui contient l'image)
Dans les options de WinHTTrack tu as l'option suivante à cocher :
Attempt to detect all links
Asks the engine to try to detect all links in a page, even for unknown tags or unknown javascript code. This can generate bad requests or error in pages, but may be helpful to catch all desired links
Useful, for example, in pages with many javascript tricks