Hello la compagnie, j'espère que tout le monde va bien déjà!    
 
Ma question est sans-doute farfelue c'est possible ( ), toujours est-il que j'affectionne particulièrement le programme 'FastFlix' (basé sur VidéoReDo me semble-t-il).
 
Néanmoins je n'ai pas trouvé de méthode dite 'Clean' de traiter un dossier ou même plusieurs fichier d'une seule traite.    
 
Alors autant je veux bien confesser que pour trouver/régler et ajuster un Preset il faut du temps ainsi que de la patience, ça très bien! Seulement je trouve qu'il serait profitable à Toutes et Tous de pouvoir traiter une série de fichiers complète, une fois que le dit 'Preset' est convenablement ajusté/peaufiné.
 
Si l'un ou l'une d'entre vous a une méthode les amis... Je suis tout Ouï!  

Ce programme (Gui) basé sur FFmpeg à l'air sympa (gratuit):
https://ffmpeg-batch.sourceforge.io/
 
Il te permet de traiter des fichiers par lot, il faudra juste obtenir un bon preset FFmpeg.
 
FFmpeg c'est une des méthodes les plus cleans pour encoder/décoder des vidéos.
 
Si tu veux aller plus loin tu peux utiliser FFmpeg directement en mode console, créer ton script, ...  

C'est un peu à la limite de ta question mais handbrake sait traiter plusieurs fichiers mis en file d'attente.

Fastflix aussi, il suffit de cliquer sur ajouter à la file d'attente.
Ce que Fastflix fait et que Handbrake ne fait toujours pas c'est l'encodage Nvenc en 10 bits.
De plus avec Fastflix on peut utiliser Rigaya's Nvencc nettement plus rapide à qualité égale.