Pour copier un répertoire en tout ce qu'il contient, il y a la commande DOS XCOPY /S (cf les autres commutateurs de XCOPY, y a peut-être mieux depuis DOS 6.22).
Si on fait XCOPY c:\monsite(\*.*) /S d:\tonsite\premier
tout ce qui est dans monsite se retrouvera dans d:\tonsite\premier
le \*.*, suis pas sûr qu'il soit obligatoire, ai un trou (suis entre deux manips au labo).
Si ça revient souvent, ça doit pouvoir se mettre dans un batch, si les répertoires sont inchangés, on peut les mettre en "dur" dans le batch.