Alors, mmg ça à l'air d'être exactement ce qu'il me faut mais j'ai un problème à l'utilisation.
J'ai lu dans l'aide que la partie "chapter editor" est indépendante du reste de l'application donc j'ai essayé de ne travailler qu'avec ça:
1) Je fais un load, je sélectionne mon fichier .mkv
2) Il me trouve la liste de tous les chapitres.
3) Génial, je renomme le nom des chapitres, je fais attention à pas toucher aux autres informations obligatoires (langue, UID (je sais pas ce que c'est mais à priori je m'en fous) et début de chapitre).
Mais après j'ai 2 possibilités:
- save (ou save as), apparement ça sauvegarde les chapitres dans un fichier .xml
- save to matroska file. Là je me dis c'est le bon truc, je choisis mon fichier .mkv et ça me marque "chapters written"
A ce stade, je me dis c'est de la balle, ça a marché c'était facile 
Puis j'ouvre mon fichier .mkv, et je constate que ben nan les chapitres n'ont pas été renommés. Damned, je relance mkvtoolnix et je refais un load du même fichier pour voir, le renommage n'a pas été sauvegardé.
Je recommence toute l'opération et quand j'ouvre de nouveau mon .mkv cette fois il n'y a plus aucun chapitre. C'est bizarre car quand je load ce fichier dans mkvtoolnix, il me liste bien les chapitres.
EDIT:
Ca a marché ! J'ai utilisé plutôt la première solution que tu as donné. J'ai sauvé les chapitres à part dans un .xml et j'ai fais un "muxing" (j'imagine que c'est une sorte de compilation) de mon fichier .mkv avec le .xml. Ca a pris un moment mais au final ma vidéo est toujours nickel et j'ai bien mes chapitres renommés.
=> MERCI
