"In the shrink reauthor mode you can right click on the main title, select 'set default streams...', and then select the audio and subpicture (subtitle) streams to display. This will hopefully force your player to display the stream you wish just like the original. I believe that this applies to Kill Bill 1 and some other titles."
Je ne connais pas le logiciel mais apparament il faut que dans le mode reauthor tu définisses les flux par défaut en incluant les soustitres (qq'un d'autre dis plus haut dans le post qu'il y a 2 pistes de soustitres, une grande pour tout le film, une autre plus petite pour seulement les passages en japonais, c'est celle-là qu'il faut que tu sélectionnes)