Bien sur, il s'appelle VirtualDub ou NanDub. Tu dois régler un preload et un interleave c'est à dire la taille du cache de chargement de l'audio ainsi que le décallage à appliquer entre audio et vidéo.
Fouille un peu dans le forum et tu trouveras des personnes bien meilleures que moi pour résoudre ton problème.
Perso ça m'est surtout arrivé lorsque je faisais de l'AC3.