Et voilà, j'ai fini !
Petit CR du coup, si ça peut servir...
Je pense que j'ai essayé toutes vos propositions...
J'ai utiisé Avidemux. J'ai apprécie l'interface simple, et puis je délimitais début et fin, j'enregistrais, je décalais... sans avoir à tout retrouver à chaque fois.Donc plutôt simple, même si ça prenait quand même du temps.
Concernant le reste :
MKVmerge m'a moins convaincu à cause du format "imposé".
Mooo Vidéo. Avait l'air chouette niveau interface mais n'a jamais voulu afficher mes vidéos. Comme j'avais d'autres solution, je n'ai pas cherché trop longtemps non plus...
Smart cutter : Avait l'air de fonctionner, mais interface plus compliquée, alors là aussi, comme j'avais le choix...
Free Vieeo Editor : aurait surement pu être génial, en coupant plusieurs séquences d'un seul coup, mais je n'ai jamais trouvé la version recommandée. Du coup, le "sans réencodage" était payant.
En résumé, l'ignare que je suis a choisi la simplicité. J'ai coupé les séquences une par une, avec un logiciel plutôt simple.
Un grand merci à vous tous pour vos propositions !