Je pense que la durée de la vidéo et de l'audio ne correspondent pas.
Tu peux essayer de corriger ça avec un utilitaire comme synchronizer 0.8. Il te permettra de faire varier le framerate de ta vidéo ou de contracter ou dilater la bande son jusqu'à ce qu les problèmes de synchro disparaissent.
Faire varier la bande son rend le son normalement un peu plus aigü (contraction) ou grave (dilatation), mais en pratique sur la totalité d'une bande son de plus de une heure, et parce la dilatation ou la contraction se fait en général à quelques pourcents par rapport de la durée totale, c'est quasiment inaudible.
la même remarque s'applique pour le framerate (fluidité de la vidéo).
Resynchoniser une bande son avec la vidéo s'avère parfois assez long et fastidieux.