je ne suis pas sur qu'une appli qui doit être installée sur des PCs portables soit qualifiable d'"embarquée" ...
pour ce qui est de l'indépendance de l'appli d'avec l'OS, Java semble le bon choix, mais pourquoi cherches tu un sgbd 'spécifique' alors que tu peux faire tourner un serveur Oracle, PostGre, je ne sais quoi encore... sur n'importe que l OS ?