Bizare bizare, chez moi, avec apache/php/mysql, j'ai eu aucun probléme avec les fonctions mysql* pour passer de php4/mysql4.0 à php5/mysql4.0 ni pour passer de php5/mysql4 à php5/mysql5.
Au boulot, avec IIS/asp/mysql5 en passant par le driver odbc de mysql, on a aucun probléme pour se connecter.