lors de l'upload tes documents sont mis dans la repertoire upload_tmp_dir
une fois l'upload terminé, tu peux recuperer dans PHP les fichiers uploadés ( nom , chemin temporaire ) dans la variable $_FILES
tu peux les manipuler avec move_uploaded_file
ensuite, une fois ton script terminé, normalement les fichier de upload_tmp_dir sont effacés
je ne sais pas ou ce branche ton script qui appele du java ( tu es sur que ca ne pouvais pas se faire direct en php ? ) , donc je ne sais pas si ca repond a ta question