Voila mon problème : j'ai un InputStream, sur lequel j'aimerais faire des modifications (remplacer une chaine par une autre), puis j'aimerais récupérer un nouvel objet InputStream modifié.
Mon problème est que je ne vois pas comment je vais faire
 

un stream ca se modifie pas hein ...

tu as raison    
en fait, je voudrais en recréer un nouveau

 
bon tu parles de chaines. Si c'est des caractères tu ne dois pas utiliser un inputstream mais un reader!
 
Voir les classes StringReader et StringWriter (le premier te permettant de créer un nouveau Reader (sorte d'inputstream pour les chars), le second te permettant de lire des chars et de les collecter dans un StringBuffer)