Je créé ce topic pour informer d'un problème sur lequel je suis tombé en changeant de PC.
 
Sous Windows 8.1 + Java (jdk 7u45), les programmes java que je lançais (en direct et même en debug sous eclipse !) ou les logiciels utilisant java (le ControlPanel de java lui-même ou Firefox, par exemple) passaient 5 secondes sans rien faire avant de démarrer. Et quand vous développez, 5 secondes à chaque lancement, ça fait une éternité. Le pire, c'est que durant ce délai, j'ai vérifié qu'aucune ressource n'est consommée (ni CPU, ni mémoire, ni aucun accès réseau).
En utilisant quelques outils (notamment l'excellent Sysinternals ProcessMonitor), j'ai constaté que la machine virtuelle accédait aux clés de registre et fichiers concernant... ...Nvidia 3D Vision ! Argh. En plus, c'est un PC au boulot, la carte graphique n'est pas vraiment taillée pour 3D vision et mon écran n'est pas 3D. Bref, j'ai désinstallé 3D Vision, ainsi de PhysX et Audio HD, et les programmes utilisants Java se lancent maintenant sans délai.
 
Voilà, au cas où quelqu'un rencontrerait ce problème... J'ai informé le support de Nvidia du problème mais peut-être est-ce un problème de Java.
 

Je me souviens de problème de bugs graphiques avec cates vidéos Matrox Millenium, java 2 et je ne sais plus quel OS (c'était en 1999 ou 2000), donc ton cas est possible.
 
Change de jdk, c'est le plus simple à faire.

Info bonne à prendre
 

 
Là c'est pas un bug graphique, ça ressemble plus à des contrôles opérés par la JVM sur le système. Si c'est une feature, pas sûr qu'updater le JDK résolve le problème, à la limite le downgrade.
En l'absence d'infos sur l'intarweb (j'ai pas cherché), j'aurais plutôt tendance à préconiser l'ouverture d'un ticket chez Oracle.