Ça m'étonnerait que tu arrives à fermer la fenêtre appelante. Le javascript ne peut fermer que les fenêtres qui ont été ouvertes par un script, et je suppose que ce n'est pas le cas pour la fenêtre de base. C'est comme ça en tout cas avec Mozilla.
C'est d'ailleurs assez logique : imagine que ton visiteur a 15 onglets ouverts dans sa fenêtre. Ça m'étonnerait qu'il apprécie de voir sa fenêtre se fermer...
À part ça, je suis d'accord : les popups, c'est mal !