Tu n'as qu'a changer la facon dont tu retribues tes points.
Au lieu de le faire au chargement de la page, tu le fais au chargement de la page mais en tenant compte du temps.
Par exemple tu crees une session en php, a chaque fois qu'un user rentre sur un page tu mets a jour la session (du genre tu indiques l'heure + min + sec ou il est entre), au prochain changement de page, tu calcules le temps mis entre les deux pages et tu donne le nombre de points qui correspondent.
De cette facon tout ton traitement se passe cote serveur, et cela t'evitera d'utiliser du JS pour des betises...