j'ai eu besoin de faire qq chose de ce genre et je n'ai pas trouver une façon propre de le faire. dans mon cas, j'ai multiplié les configurations en definissant des variables par le biais des def du préprocesseurs.
Pour ton cas, Les chemins sont accessibles via $(ConfigurationName) qui en gros se situe ./Release ou ./Debug de ton appli. Donc en rajoutant des ../../ tu peux te balader sans trop de problèmes dans l'arborescence.
je sais pas si ca t'aide
@pluche