Tu peux tenter les champs de bits :
http://mapage.noos.fr/emdel/notes.htm#bitfield
Mais bon, d'autres approches peuvent être envisagées. Par exemple, est-ce que tu as besoin de stocker 1.000.000 de vecteurs, ou peux-tu te contenter de vecteurs "clés" à partir desquels tu peux recalculer les autres ?
Autre "solution" : l'écriture d'un fichier de 1.6Go est-elle réellement rédhibitoire ? Ce n'est peut-être pas choquant selon le contexte. Au pire, tu peux aussi envisager de compresser ton fichier.